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SUMMARY:Journée de l’axe AlgoComb « Lyndex » (14/12/2023)
DESCRIPTION:Journée Lyndex de l’axe AlgoComb\n\nDepuis des décennies\, les mots de Lyndon ont fait l’objet d’études et apparaissent dans différents domaines comme la bioinformatique\, l’algorithmique du texte\, la combinatoire des mots\, la compression de données… Des techniques d’indexation\, de fingerprint\, récemment publiées utilisent les mots de Lyndon et leurs nombreuses propriétés.\nCette journée vise à présenter les mots de Lyndon ainsi que des exemples d’applications récentes lors de trois exposés. Un site web est dédié au projet Lyndex. On y trouve notamment les diaporamas des exposés.\n\n\n\n\nProgramme\n\n10 h – 10 h 30\n\nArnaud Lefebvre – Introduction aux mots de Lyndon : un point de vue historique\n\n\n10 h 45 – 11 h 15\n\nThierry Lecroq – Quelques problèmes autour des mots de Lyndon\n\n\n11 h 30 – 12 h\n\nIgor Martayan – A space-efficient\, locality-preserving and dynamic data structure for indexing k-mers\nRésumé :\nDu fait du volume croissant de données génomiques à analyser\, les séquences d’ADN sont souvent représentées par l’ensemble des mots de taille k\, ou k-mers\, qu’elles contiennent. On se propose d’étudier une représentation alternative des k-mers à l’aide de leur plus petite rotation cyclique\, ou collier\, et de l’indice de rotation associé. En particulier\, on s’intéresse à la propriété de « localité » entre k-mers voisins engendrée par cette représentation (que l’on peut rapprocher de la notion de minimizers)\, et aux bénéfices que l’on peut en tirer dans le cadre de l’indexation d’ensembles de k-mers.\n\n\n12 h – 13 h 30\n\nDéjeuner\n\n\n13 h 30\n\nDébut des discussions entre spécialistes autour du projet Lyndex
URL:https://www.normastic.fr/event/journee-lyndex-de-laxe-algocomb/
LOCATION:Salle Séminaire Département Informatique\, UFR Sciences et Techniques - Université de Rouen\, Saint Etienne du Rouvray\, France
CATEGORIES:Algorithmique et Combinatoire
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