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Journée Lyndex de l’axe AlgoComb
14 décembre 2023 @ 10 h 00 min - 16 h 00 min
Journée Lyndex de l’axe AlgoComb
Depuis des décennies, les mots de Lyndon ont fait l’objet d’études et apparaissent dans différents domaines comme la bioinformatique, l’algorithmique du texte, la combinatoire des mots, la compression de données… Des techniques d’indexation, de fingerprint, récemment publiées utilisent les mots de Lyndon et leurs nombreuses propriétés.
Cette journée vise à présenter les mots de Lyndon ainsi que des exemples d’applications récentes lors de trois exposés. Un site web est dédié au projet Lyndex. On y trouve notamment les diaporamas des exposés.
Programme
- 10 h – 10 h 30
Arnaud Lefebvre – Introduction aux mots de Lyndon : un point de vue historique
- 10 h 45 – 11 h 15
Thierry Lecroq – Quelques problèmes autour des mots de Lyndon
- 11 h 30 – 12 h
Igor Martayan – A space-efficient, locality-preserving and dynamic data structure for indexing k-mers
Résumé :
Du fait du volume croissant de données génomiques à analyser, les séquences d’ADN sont souvent représentées par l’ensemble des mots de taille k, ou k-mers, qu’elles contiennent. On se propose d’étudier une représentation alternative des k-mers à l’aide de leur plus petite rotation cyclique, ou collier, et de l’indice de rotation associé. En particulier, on s’intéresse à la propriété de « localité » entre k-mers voisins engendrée par cette représentation (que l’on peut rapprocher de la notion de minimizers), et aux bénéfices que l’on peut en tirer dans le cadre de l’indexation d’ensembles de k-mers.
- 12 h – 13 h 30
Déjeuner
- 13 h 30